Eneko Landaburu est nommé en 1986 Directeur général de la politique régionale et de cohésion de l'Union européenne, puis Directeur général en charge de l’élargissement, et à ce titre, négociateur en chef avec les pays candidats à l’adhésion à l’Union européenne jusqu’en 2003. Il a ensuite occupé les fonctions de Directeur général de la DG Relations Extérieures de l'Union européenne jusqu’en 2009.

En 2006, il devient membre du conseil d'administration de l'Institut Jacques Delors, anciennement nommé Notre Europe.