Jean-François Pons a travaillé à la direction du Trésor du ministère français de l'économie et des finances de 1977 à 1989, ainsi que dans le cabinet du ministre Pierre Bérégovoy de 1982 à 1984. Il a ensuite travaillé à la Commission européenne de 1989 à 2002 en tant que directeur des affaires monétaires à la direction générale des affaires économiques et financières, puis en tant que directeur général adjoint à la DG Concurrence. Il a ensuite rejoint la Fédération bancaire française en tant que délégué aux affaires européennes et internationales jusqu'en mars 2015.

Depuis septembre 2014, Jean-François Pons préside l'Institut européen du marché monétaire. Depuis juin 2016, il est également membre du Groupement européen d'intérêt économique Alphalex-Consult, basé à Bruxelles, spécialisé dans les affaires européennes. Ses travaux se concentrent sur la finance verte, l'impact de Brexit sur les services financiers et l'Union des marchés financiers.

Jean-François Pons est diplômé de l'École des Hautes Études Commerciales et de l'Institut d'Études Politiques de Paris, et est ancien élève de l'École Nationale d'Administration.